凤山庙建于明末天启、崇祯年间（1621-1644年）。

该庙原为两进宫殿式结构的建筑物，前殿有八幅青石窗雕、盘龙石柱、青石雄狮、石柱楹联及屋顶是翘角式明代石雕装饰，双龙抢珠的艺术雕塑，但因历史悠久，毁损甚多。后经历几次重修、扩修,现在前殿是由海峡两岸信徒集资修建，按清乾隆丙午年（公元1786年）式样修葺一新。楹联都是前清时期同安县的举人、大学士所写，工笔完整、书法技艺精湛。后殿是民国十八年（1929年）由仰光同安县安仁里公会捐建的钢筋混凝土建筑。

凤山庙祀奉“李府清源真君二郎神”。李冰及其次子因治水有功为后代庶民所敬仰，二郎神因为民除掉蜀郡都江之孽蛟，后人遂在四川灌县立庙纪念，宋真宗时追封为清源妙道真君。

现今灌口镇凤山祖庙的前殿记载着该神的来历。青石窗雕描绘蛟龙兴风作浪，一老一少与孽蛟搏斗；后蛟龙屈服，江上风平浪静，祥云朵朵，一老一少驾着被驯服的蛟龙，迎着彩云，冉冉上天。

灌口凤山庙不但使灌口市镇发展有其渊源关系，更重要的她又是与台湾、海外有渊源关系密切。明末清初，灌口也是郑成功反清复明基地之一，郑成功收复台湾时，其将士将凤山庙香火传至台湾。清雍正、乾隆年间，灌口銮井派之陈氏大批迁居台湾繁衍，现今台北县三重市，彰化二林镇、嘉义县大林镇、台中县的东势镇和云林县等的望族，香火也是来自灌口的分炉。目前，台湾奉祀灌口凤山庙香火的庙宇多达160多座。东南亚一些国家和地区，如缅甸仰光、马来西亚槟城、印尼三宝垅、泰国曼谷等地，都有灌口凤山庙的分炉。尽管“大使公”传至各地名称不一，如泉州府属各庙称“日月大使”，台湾称“王孙大使”，漳州称“清源真君”等，其香火都来自灌口凤山庙，可见灌口凤山庙是“大使公”的发祥地。

现今灌口凤山庙已修葺一新，溢彩流光，金碧辉煌。"大使泽长俎豆南海看万里，真君名重光风海峡借千秋"是灌口凤山庙与台湾海外关系渊源流长的真实写照。今凤山祖庙于农历五月初四为二郎神生日，三月初七日为庙际活动。