水产学院海洋水族馆是一所为教学、科研和科普知识教育服务，并具有较高的观赏价值的海洋自然博物馆，内含鲸馆、鱼类馆、海洋无脊椎动物馆和水族馆四个部分，是仅次于青岛水族馆，藏品比较齐全的专业展览馆。

馆中展品主要采自西沙群岛、海南岛海域和闽南渔场，反映了印度——西太平洋区热带、亚热带海洋动物区系的特征，共有海洋生物标本1400多种，按科学分类介绍鱿类760种、软体动物232种、甲壳动物162种、腔肠动物107种、藻类99种、海洋哺乳动物4种、其它海洋动物85种。其中不乏难见的珍品，如鲸馆陈列的抹香鲸全长12米，体重20多吨，剥制精良，形态完整，为国内仅有；鱼类馆的网纹工是我国新记录，全国仅我馆保存2尾；全国一级保护动物中华鲟和中华白海豚也各有保存。丰富的展品增进了人们的海洋生物知识，展示了祖国海洋国土的美丽富饶。

海洋水族馆不仅各种鱼虾贝藻、海龟玳瑁、各色珊瑚构成了珍奇的海中世界，而且水族馆里还引进饲养南美亚马逊河流域的热带观赏鱼类，其体态优美，色彩艳丽令人陶醉。

自1983年建馆以来，海洋水族馆以其科学性、知识性和观赏性相结合的特色吸引着海内外各界人士参观学习、学术交流。中央电视台《神州风采》节目，香港亚洲电视台都曾前来拍摄专题电视片；中国日报（海外版），香港文汇报、大公报、科技日报、信息日报、福建日报、厦门日报等众多报刊多次评介本馆，广为宣传。中央、省、市领导以及英、美、加、俄、日、澳、新、泰以及港、澳、台等十几个国家、地区的学者前来参观考察。香港国际鲸豚保护协会负责人对本馆在普及保护海洋珍稀动物知识的贡献给予高度评价。

本馆常年对外开放。每年接待数万游客参观、游览。为了满足各界需求。计划2000年之前在龙舟池畔建设新馆，届时一座内容更加丰富、展览方式更加先进、更富有教育意义和观赏价值的海洋水族馆将展现在世人面前。