三祖寺又名乾元禅寺，始建于公元505年。位于安徽天柱山南面环境清幽，景色怡人的凤形山上，为南朝国师宝志禅师开创，梁武帝赐名山谷寺。隋初，禅宗三祖 僧璨来此弘法教学，并传衣钵给四祖道信，于公元606年在此立化，故称三祖寺1983年三祖寺被国务院确定为汉族地区 全国重点寺院。
三祖寺坐落在大别山东南麓的安徽省潜山县城西北9公里处的谷口凤形山上。凤形山，唐宋以来人们习惯称之为三祖山，这里是全国重点风景名胜区天柱山的南大门，环境清幽，景色怡人。三祖山一峰独秀，翠黛苍郁，东西两侧岗峦逶迤，向南蜿蜒伸展，对三祖寺呈环围合抱之势，使山前形天一个天然谷口。清澈甘冽的山谷流泉从三祖山西侧谷底潺潺流出，滚珠嘎玉，泠泠有声，向南经谷口汇入潜河。宽阔的潜水河像一条洁白的玉带，自西向东轻盈舒展，系于山前。河水清涟，波光粼粼，映现着青山塔影。水光山色，浑作一体，构成了谷口的独物风貌，成为天柱山风景名胜的重要一景。
山门殿在三祖山脚，由门厅、耳室和寮舍组合而成。门厅为山门殿的主体建筑，楼阁式，砖木混凝土结构。重檐翘角，顶脊高15米，上饰两条戏珠游龙。两檐之间，镶以木质格棂，并嵌以玻璃。下檐高10米，正厅宽11米，进深7米，三门并立。正门名“般若门”，“般若”，为佛教梵语的音译，意译“智慧”；东边门名“解脱”，为佛教梵文的意译，意为摆脱烦恼业障的系缚而获得自由自在；西边门名“精进门”，“精进”，变为佛教梵文的意译，意指按佛教的教义，在修善断恶、去染滤净的修行过程中，要不懈地努力。在正门楣上方，悬挂一方由全国佛教协会赵朴初会长题写的“乾元禅寺”木质原色底衬黑漆大字匾额。门前，置一对2.8米的高的青灰色花岗石雕坐狮，威武雄壮。门厅内东西两侧，兀立着7.5米高的“金刚力士”塑像，俗称“哼”、“哈”二将。

　为山门殿通向天王殿的石级通道。全程60级，宽2.5米，垂直高度15米，坡度为30度角。石阶系采用本山粗颗粒花岗石凿成条石砌成，两旁砌有1.5米高的预制扶手栏板。通天阶两侧，依山势叠砌梯形台式花坛，占地面积300余平方米，坛内种植着四季花卉，姹紫嫣红，幽香扑鼻。

登上通天阶最后一级石阶，迎面即是天王殿，是供奉弥勒佛和四大天王及韦驮塑像的殿堂，为中国汉族地区佛教寺院的重殿之一。天王殿纯砖无梁结构，攒尖6角，内穹无梁，亦称“六角无梁殿”。顶高12米，檐高8米，东西跨度与南北进深均8米。顶端有一盖式“法轮”笼罩其上，与穹顶相扣而不相接，使殿顶保持良好的通风和透光效果。殿门楣上，嵌有水泥磨砂“天王殿”黑底金字匾额一方。殿门东墙壁，嵌镶国务院于1983年4月9日批准的“全国重点寺庙乾元禅寺”的大理石质匾额一方；殿门西墙壁，亦嵌有怀邑弟子吴福余敬赠的“佛光普照”和“功德福田”的大理石质碑额各一方。殿顶六条瓴脊，饰有六条游龙，象征着中华民族是龙的国度，“六时吉祥”和“国泰民安”之意。天王殿内，居中的供坛上，供奉着铜铸大肚弥勒佛像，四周分别供置6米高的四大天王塑像。与弥勒佛像向背而立的，是铜铸韦驮像——释迦牟尼的护法天神。

三祖寺的大雄宝殿，始见记载于元顺帝至正二十五年（公元1365年），为邑人弟子葛暹捐建，与天王殿同时建成。始为乾元阁，不久阁圯，其子葛永授改建大雄宝殿。明崇祯三年（公元1630年），知县李新重又鼎新，明末毁于兵火。清康熙初，东源和尚又予复建。到康熙五十九年（公元1715年），巡抚梁世勋又捐资复修，清末与天王殿、宝公殿同时遭毁，俱成废墟。1944年，三祖寺方丈月海、监院宏超将塔前拜殿改建成大雄宝殿。
大雄宝殿其殿基高出天王殿4米，为歇山式殿宇，砖木混凝土结构。殿脊高17米，檐高10米，东西跨度25米，南北进深17.5米。殿内8柱架枋，5枋架梁，朱柱红墙，琉璃黄瓦，飞檐翘角。4壁嵌枋桃梁，4楞桃梁撑角。嵌枋和挑梁上，遍绘龙凤、狮麟等珍禽异兽及奇花异卉图案。正门4扇，窗开8面，均饰以镂格雕花。正门楣上，悬置木质黑底金字赵补初手书“大雄宝殿”匾额一方。
门前丹墀内，分东西对置一对高2米的青灰色花岗石质坐狮石雕。石狮之间，安置一只铁宝鼎。丹墀东西宽25米，南北深8米。南沿中段，建有4米宽的混凝结构的挑台，直抵天王殿后墙。丹墀的东、西、南3南边沿的挑台的东西两沿。砌有汉白玉围栏。栏高1.2米，22柱，柱头及栏板上，均饰有浮雕花卉图案。与大雄宝殿红墙黄瓦相映生辉，热闹中现出清净，庄严中不失典雅。
殿内正厅，供奉一尊汉白玉石释迦牟尼佛像。释迦像的在右，供奉其弟子迦叶和阿难的汉白玉石雕像。释迦像的前面，供置一尊铜铸释迦太子像。在释迦像的背后，是“海岛仙山”的大型浮雕。正厅后侧，分东西供置文殊塑像。它们形态各异，栩栩如生。大殿地面均用花岗石铺成。大厅上方，华盖璀璨，霓虹闪烁，锦幡飘动，法幢高悬，置身殿内，神情肃然。

三祖寺5大重殿之一，为砖木混凝土结构的无梁式殿宇，建筑面积100平主米，攒尖4角，灰墙白疑缝，琉璃黄瓦。顶高12米，檐高8米。殿门楣上，嵌有水泥磨砂仿赵朴初手体“千佛殿”匾额一方。殿门两侧，悬置一副木质黑底金字仿赵朴初手体的“三祖道场重现，千花满载而归”的联语。殿门前正中的石阶上，安置一只铁宝鼎。大殿中央2米高的供坛上，供奉首一尊木质装金毗卢遮那佛像。殿内四壁的千余个砖砌小佛龛中，供置千余尊陶质鎏铜小佛像，与毗卢遮那佛像成为一组“千佛朝毗卢”群像。