大雄宝殿面前有两棵千年银杏，显示着三元宫古老的历史。抗日战争时三元宫遭受日寇飞机的狂轰滥炸，这两棵树虽然枝干断裂遍体枯焦，但现已绽发出新芽，果实累累。三元宫近年经过多次修葺，已逐渐恢复原貌，只在东南部位的下方，保留下一块当年的残垣断壁，作为历史的见证。
三元宫是云台山区的主庙，也是花果山的主体建筑。三元信仰源远流长，早在1600多年前东晋时代，干宝的《搜神记》上便载有东海人陈光蕊，生了三个儿子，得道升仙，分管天、地、水三界的记叙。
明代苏北鲁南三元信仰非常兴旺，万历十五年（1587年）淮安人谢淳破家扩建三元宫，奠定了三元宫建筑群的基础。《西游记》的作者更是三元的坚定信仰者，书中说唐僧是东海陈光蕊的儿子，这庙里的三元也就是唐僧的骨肉兄弟了。近年三元宫易名海宁禅寺，改塑释迦牟尼佛，三元圣像已移至东配殿。