据《粤西游日记四》，崇祯十年十二月十一日至十八日，徐霞客为了带走朋友静闻的骸骨，带病在南宁府与恶僧交涉，十九日离开南宁，北出昆仑关，经南丹卫治三里城(今上林县境)，抵庆远府(今宜山县)，转往西北，经河池州(今河池县)、南丹州(今南丹县)，于崇祯十一年三月二十七日出广西。在三里城停留五十天，遍游韦龟岩、独山岩、小独山、青狮岩、白崖堡岩洞、琴水岩、佛子岭等名胜；在庆远府停留二十三天，遍游会仙山诸洞、龙隐岩、九龙洞、三门岩、观岩，登多灵山。经河池州游狮子洞、北山。
据《黔游日记一》，徐霞客于崇祯十一年三月二十七出广西，进入贵州下司，往北经独山州(今独山县)、都匀府(今都匀市)、麻哈州(今麻江县)、平越卫(今福清县)；转西经新天卫(今贵定县)、龙里卫(今龙里县)、贵阳府(今贵阳市)，然后绕道广顺州游白云山，过平坝卫(今平坝县)，再西经安顺府(今安顺市)、镇宁州(今镇宁布依族苗族自治县)、关索岭守御所(今关岭布依族苗族自治县)，四月二十四日抵北盘江东侧的永宁。沿途主要游览的名胜有：杨宝山、古佛洞、白云山、双明洞、白水河等，白水河瀑布即今黄果树瀑布，为我国最大的瀑布。
据《黔游日记二》，徐霞客于崇祯十一年四月二十五日过盘江桥，往西经安南卫(今晴隆县)、新兴所(今普安县)和普安州(今盘县特区)，五月初九到达贵州最后一站亦字孔驿。沿途主要游览了北盘江上的铁索桥、晴隆威山的三明洞、普安的观音洞、盘县特区的碧云洞和丹霞山；还考察了南北盘江的源流。
《滇游日记一》为徐霞客由黔入滇之后最初八十七天的游记，于清顺治二年(1645)的变乱之中毁于火。这一段游踪，可从《游记》其他部分透露的信息作大致的概括：崇祯十一年五月初十日由滇南胜境关入云南，过平夷卫(今富源县)、交水(今曲靖市西平镇)，然后往南沿南盘江以船行为主，抵曲靖府、越州卫(今曲靖市越州)和陆凉州(今陆良县)，沿途沐石堡温泉，游览陆凉西部的石门(今乃古石林)胜景，再经嵩明州(今嵩明县)南部的杨林，抵云南省城(今昆明市)。在昆明游太华山，写《游太华山记》和《滇中花木记》；然后从滇池东岸往南，经呈贡、晋宁、江川等州县，至通海县有秀山，再南达临安府(今建水县)，考察泸江源。七月十五日在石屏；八月初一日游颜洞，写《游颜洞记》。继续往东到阿迷州(今开远市)，转北经弥勒州达广西府(今泸西县)，途中写《随笔二则》。为了体例的整齐，现在一般将上述四篇文章作为《滇游日记一》。
据《滇游日记二》，崇祯十一年八月初七日，徐霞客在广西府(今泸西县)，考察南盘江；然后往东北经师宗州(今师宗县)、罗平州(今罗平县)，到贵州的黄草坝(今贵州兴义市)；八月二十九日复人云南。
据《滇游日记三》，崇祯九月初一日，徐霞客从云南东界今富源县的笔冲起程，途经亦左县(今曲靖市西平镇)、寻甸府(今寻甸县)、嵩明州(今嵩明县)，二十九日达昆明东北郊的三家村。这次横穿滇东，为了尽量不与原来走过的路重复，多取间道小径或人迹罕至的山区，沿途洗沐了石堡温泉，游览了东山寺、宗镜寺、法界寺、翠峰山寺。还考察了车湖、嘉丽泽等高原湖泊及滇池主要水源--盘龙江源，写成《盘江考》。
据《滇游日记四》，崇祯十一年十月初一日，徐霞客第二次来到昆明，结交了唐大来、吴方生、阮仁吾、唐玄鹤、张调治、张石夫、周恭先、金公趾、马云客、阮玉湾、阮穆声等一批滇中名士。在昆明，环游滇池一周。从南郊南坝乘船，横渡滇池，到安江上岸，绕经晋宁、昆阳、安宁等州，取道草海湖堤，从西郊夏家窑和土堆回城，沿途游览的主要景点有：白鱼口、天女城、金沙寺、石将军、牛恋石、龙王堂、石城、安宁温泉、曹溪寺、进耳寺、棋盘山等；滇池之外还游览了西北郊的筇竹寺、海源寺上洞和中洞、妙高寺、沙朗天生桥、富民河上洞等。十一月十一日抵达武定府(今武定县)，此后缺十九天的日记。季梦良整理游记时曾询问当日随徐霞客同行的仆人，得知徐霞客曾在武定留憩数日，遍阅武定诸名胜。后至元谋县，登雷应山，见活佛，为作碑记，穷金沙江。然后出官庄，经大姚县、姚安府、姚州而达鸡足山。
据《滇游日记五》，因同行的顾行病弱，徐霞客十二月初在元谋县官庄茶房滞留数天，初六启程，往西经大舌甸、水井屯、仓屯桥等村到大姚县；再往南经龙冈卫到姚安府；再往西南经弥兴、普溯、云南驿到洱海卫(今祥云县)；转往北经宾阱的宾居、州城附近及牛井，二十二日到达鸡足山。途中在大姚游妙峰山德云寺，作《宿妙峰山》，诗云："路织千山积翠连，穷边欲尽到天边"；在姚安游览活佛寺、清莲庵；在祥云游览水目山、清华洞、九鼎山；并登鸡足山绝顶观日出。除夕夜，住在万山深处的僧房，凭窗看熠熠星光下朝山进香者彻夜荧然不绝的火光，徐霞客感叹："此一'宵胜人间千百宵!"
据《滇游日记六》，崇祯十二年正月，徐霞客遍游鸡足山上诸胜景，考察山形地貌，搜寻清泉、悬瀑、陡崖、奇树、静室，了解诸寺渊源，抄录碑刻，寻访遗迹。还记载了正月十五观灯、人工喷泉、架桥渡水等活动以及僧侣们的日常生活情形。正月二十二日应木增的邀请离开鸡足山赴丽江。途经中所屯、北衙、西邑、松桧、辛屯、冯密等地，从南往北，穿过鹤庆府，沿途游览腰龙洞、鸡鸣寺等名胜；再往北经七和，过邱塘关，二十五日抵达丽江府，二十九日在解脱林受到木增的隆重迎接。
据《滇游日记七》，崇祯十二年二月最初的十天，徐霞客受到木增的盛情款待，他为木增整理编校文稿，为其《山中逸趣集》写跋，并辅导木增儿子的学习。二月十一日离开丽江南下，经鹤庆，游青玄洞及鹤庆的龙潭群；再往西经汝南哨、山塍塘，十四日抵剑川州，遍游金华山上的土主庙、天王石、玉皇阁、三清阁、玉虚亭、崖门诸胜；十八日抵浪穹县(今洱源县)，游茈碧湖、九台温泉及佛光寨，直至月终。
据《滇游日记八》，崇祯十二年三月初，徐霞客到浪穹县南部的凤羽坝子停留七日，登鸟吊山，游清源洞，欣赏白族的种种风俗人情。初九离开浪穹，往南经邓川州(今洱源县南部)赴大理府，沿途游览欣赏普陀崆温泉、邓川西湖、油鱼洞、蝴蝶泉、"十里香"奇树、古佛洞、清碧溪及大理石等等；三月二十日离开大理，过下关，往西经漾濞街、永平县，途中攀登苍山西坡的石门，登宝台山，考察澜沧江铁索桥及炉塘的红铜矿；二十八日抵平坡，进入永昌府(今保山市)。
据《滇游日记九》，崇祯十二年四月初十，徐霞客离开永昌府西行，途经怒江、高黎贡山、龙川江桥，十三日抵腾越州城；后来经顺江、固栋、南香甸、界头、瓦滇、曲石等游腾越北境。腾冲是徐霞客一生游历最西的地方。
据《滇游日记十》，崇祯十二年五月，徐霞客主要游览腾冲南境，途经绮罗、团山、杨广哨、半个山等地，最南至马鹿塘一带，游览范围达今德宏傣族景颇族自治州梁河县境。十九日离开腾越州东返，六月份都在滇西重镇永昌，遍游附近胜景。在整个《游记》中，有关永昌的记载最多。据《滇游日记十一》，崇祯十二年七月，徐霞客游历了一般人很难涉足的永昌西北境，经虎坡、大寨、松坡、蛮边、北冲、清水关等处，游览了水帘洞瀑布，并登上高黎贡山东坡的石城。二十九日离开永昌南行。关于永昌，除了《游记》之外，还有《永昌志略》和《近滕诸彝说略》等专文。
据《滇游日记十二》，崇祯十二年八月初一日，徐霞客从小猎彝起行，往东南经枯柯新街、右甸(今昌宁县)、锡铅、顺宁府(今凤庆县)、鹿塘达云州(今云县)，再回顺宁府，往北过澜沧江和黑惠江进入蒙化府(今巍山彝族回族自治县)；转东过龙庆关到迷渡(今弥渡县)，再往东转北，经过洱海卫(今祥云县)、荞甸、宾川州，于二十二日回鸡足山。
据《滇游日记十三》，崇祯十二年八月二十三日至九月十四日，徐霞客在鸡足山一边治病，一边搜集资料，考察地形，并继续游览水帘洞瀑布、山脊灵泉、崖半洞穴等地；九月十五日以后，受木增邀请，修撰《鸡山志》。现存日记至九月十四日止；《鸡山志》留存至今的只有《鸡山志目》和《鸡山志略》一、二。另有《丽江纪略》、《法王缘起》和《溯江纪源》(又名《江源考》)，当写于此时或稍后。徐霞客在鸡足山赠妙行诗两首的原件现存云南省博物馆，是徐霞客流传至今的惟一手迹。崇祯十三年正月，徐霞客已"两足俱废"、心力交瘁，木增派人护送他东归。