宋开宝八年（公元975年），置吉州庐陵郡军事。南宋绍兴年间（公元1131－1162年），吉州庐陵郡领庐陵、吉水、安福、太和、龙泉、永新、永丰、万安8县。元至元十四年（公元1277年），废吉州军事，置吉州路总管府，领庐陵等8县；元贞元年（公元1295年），改吉州路为吉安路，取吉水、安福两州各一字命名为吉安路，寓“吉泰民安”之意，“吉安”之名自此始。至顺年间（公元1330－1333年），析永新地设永宁县。明洪武元年（公元1368年），废吉安路，置吉安府。清初沿明制，乾隆八年（公元1743年），析永新、安福地置莲花厅，吉安府辖9县1厅，直到清末。 民国元年（1912年），废吉安府，莲花改厅为县，各县直属江西省；1914年，置庐陵道于宜春，龙泉、永宁、庐陵三县分别改名为遂川、宁冈、吉安县；1926年，废庐陵道，各县直属江西省；1932年，置第九地政区公署于吉安，辖永丰、万安、吉水、泰和、峡江、吉安6县；1939年，改第九行政区为第三行政区，设行政督察专员公署于吉安。1949年6月30日，中共江西省委召开第三次会议，决定成立中共吉安地方委员会、吉安公区行政督察专员公署；7月16日，吉安城解放，地委、专署机关人员进驻吉安城；7月28日，析吉安县石阳镇及近郊建吉安市；9月，吉安分区改为吉安专区，辖1市11县。中共吉安地委初属江西省委和赣西南行政区党委领导。1951年7月赣西南行政区党委撤销后，一直归属江西省。1952年，南昌专区的新淦县划入吉安专区。1953年元月，吉安市改为吉安镇；12月16日，复名吉安市。1954年，吉安市改为省直辖。1957年，新淦改为新干。1958年，吉安市划为吉安专署领导。1968年5月，改吉安专区为井冈山地区，井冈山管理局改称“井冈山革命委员会”并划归井冈山地区管辖；1978年，恢复省辖管理局；1979年，井冈山地区改名为吉安地区；1981年10月，设立井冈山县，隶属吉安行署。

1985年6月19日，吉安市白塘乡和青塘乡合并改名为白塘乡（赣府厅字[1985]340号）。1993年11月17日，吉安市撤销天玉乡、兴桥乡，设立天玉乡、兴桥镇（赣民字[1993]165号批复）。1996年3月19日，吉安市撤销樟山乡、长塘乡、河东乡，设立樟山镇、长塘镇、河东镇（赣民字[1996]52号批复）。1999年6月25日，撤销吉安市水上办事处，其所辖居民按属地管理原则划分并移交（赣民字[1999]158号批复）。2000年，全区辖5个街道、3个镇、3个乡。根据第五次人口普查数据：全区总人口294085人；其中：古南镇街道27896人、永叔街道31146人、文山街道27007人、习溪桥街道32810人、北门街道51409人、长塘镇31950人、兴桥镇22000人、樟山镇21829人、白塘乡11834人、禾埠乡21096人、曲濑乡15108人。2001年12月4日，吉州区撤销白塘乡建制，设立白塘街道办事处（赣民字[2001]215号批复）。2004年底，全区辖6街道3镇2乡：古南镇街道、永叔街道、文山街道、习溪桥街道、北门街道、水上街道、兴桥镇、长塘镇、樟山镇、禾埠乡、白塘乡。2005年末全区总人口31.86万人。