圣时门
据《孟子》记载：“孟子曰：‘伯夷，圣之清者也；伊尹，圣之任者也；柳下惠，圣之和者也；孔子，圣之时者也。’”意思是说，在圣人之中孔子是最适合时代的。据此，清世宗于雍正八年（1730年）钦定孔庙正门名“圣时门”。圣时门始建于明永乐十三年（1415年），3间，弘治年间扩为5间中设拱门3券，碧瓦歇山顶，四周是深红的墙皮，券内是杏黄的墙里，前后石阶上各有石刻龙陛。由拱门内望，令人有深邃莫测之感。
过圣时门，豁然洞开，偌大一个庭院，古柏森森，绿荫匝地，芳草如茵。迎面3架拱桥纵跨，一水横穿，碧波涣涣，荷叶田田，环水雕刻有玲珑的石栏。水“壅绕如壁”，故名“壁水”，桥因而利名，称“壁水　桥”。
桥南东西二门，甬道相连，东匾“快睹门”，取李渤“如景星凤凰，争先睹之”语，即“先睹为快”之意；西匾“仰高门”取自《论语》“仰之弥高”语，赞颂孔子学问十分高深。此是孔庙的第二道偏门。过去只有皇帝祭祀才可走正门，一般人只驵从仰高门进庙。 弘道门
弘道门
壁水桥北为弘(hóng )道门，是明洪武十年（1377年）时孔庙的大门，清雍正七年据《论语》“人能弘道”钦定命名，以赞颂孔子阐发了尧舜禹汤和文武周公之道。门下有元碑两块，东四棱碑为“曲阜县历代沿革志”，记载了曲阜的变迁沿革，史料价值很高。西碑为“处士王处先生墓表”颇有书法价值，是1966年移入孔庙保管的。
大中门
过大中门，即进入孔庙第四进庭院。院落疏阔，古树葱郁，禽鸟翔集夏天鹳飞鹤舞，白鹭翩翩，冬春鹊鸣雀喧，昏鸦噪晚，显得十分幽深。
大中门原名中和门，较弘道门长且狭窄，共5间，原为宋代孔庙的大门，后经明弘治时重修，今门系清代所建。门左右两旁禹有绿瓦拐角楼一座，系元至顺二年（1331年）为使孔庙象皇宫一样威严而建的。角楼均3间，平面作曲尺形，立在正方形的高台之上，台之内侧有马道可以上下。此两角楼瓦庙东北、西北两角楼构成一个巨大的长方形，以供守卫之用。
奎文阁
入大中门，迎面迎面即为同文门。门屋阔5间，深2间，黄瓦歇山顶，斗拱布局疏朗。清初此门曾名“参同门”，顺治后改为此名。
过同文门，院北端一座高阁拔地而起，顶檐下群龙护绕的一块木匾上大书“奎文阁”三字，它就是以藏书丰富、建筑独特而驰名中外的孔庙藏书楼。
奎文阁始建于宋天禧二年（1018年）始名“藏书楼”金章宗在明昌二年（1191年）重修时改名“奎文阁”，清乾隆皇帝重新题匾。“奎”是星名，二十八宿之一，来西方白虎之首有星16颗，“屈曲相　钩，似文字之画”，所以《孝经》称“奎主文章”，后人进而把奎（魁）星演化为文官首。后代封建帝王为赞颂孔子，遂将孔庙藏书楼命名为奎文阁。 奎文阁
奎文阁高23.35米，阔30.1米，深17.62米，黄瓦歇山顶，三重飞檐，四层斗栱。内部两层，中夹暗层，层叠式构架，底层木柱上施斗栱，斗栱上再立上层木柱。奎文阁结构合理，固坚异常，自明弘治十七年（1504年）重修以来，经受了几百年风风雨雨的侵袭和多次地震的摇撼，虽然康熙年间的大地震使曲阜“人间房屋倾者九，存者一”，而奎文阁坚固的旁证仍然无恙，岿然屹立，不愧为我国著名的古代木结构建筑之　一。阁西碑亭中记载康熙年间地震的石碑就是奎文阁坚固的旁证。阁前廊下石碑二幢，东为“奎文阁赋”，系明代著名诗人李东阳撰文，名书法家乔宗书写；西为“奎文阁重置书籍记”，记载著明代正德间皇帝命礼部重修赐书庋藏的情况。
奎文阁前有两座御碑亭，亭内外共有四幢明代御碑。每幢高6米多，宽2米多，碑下的龟趺高1米多。碑　额精雕盘龙，绕日盘旋栩栩如生。碑文内容多是尊崇孔子。东南露天的“重修孔子庙碑”。为明宪宗朱见深所立。碑文极力推崇孔子思想，“朕惟孔子之道　，有天下者一日不可暂缺”。字楷书，书体端庄，结构严谨，以精湛的书法著称于世。石碑立于成化四年（1468年），习称“成化碑”。
此院东西各有一所独立的院落，名曰“斋宿”，祭祀孔子前祭祀人员在此戒斋沐浴。东院是“衍圣公”的斋宿所。清代康熙、乾隆皇帝祭祀孔子曾在此沐浴，又称“驻跸”。现举界有孔子生平事迹展览。西院是从祭-的斋宿所，清代中期就已废弃，仅存院落.清道光年间，孔子七十一代孙孔昭薰将孔庙内宋、金、　元、明、清五代文人谒庙碑130余块集中镶嵌在院墙上，改称“碑院”碑碣或流畅奔放，飘逸自如；或丰润温雅，神采飞动；或端庄典雅，质朴古拙；精品众多蔚然大观.。
十三碑亭
十三碑亭
过奎文阁为孔庙的第6进庭院。院落狭长矗立着13座碑亭，南8北5，两行排列，斗栱飞翘，檐牙高啄，黄瓦耀金，栉次鳞比。十三碑亭专为保存封建皇帝御制石碑而建，习称“御碑亭”。亭内存碑55　幢，是唐、宋、金、元、明、清、民国七代所刻。碑文多是皇帝对孔子追谥加封拜庙亲祭、派官致祭和整修庙宇的记录，由汉文、八思巴文（元代蒙古文）、满文等文字刻写。
道北5座碑亭建于康熙、雍正、乾隆年间，道南的8座亭中，4座为金、元建筑，东起第三、六座为金明昌六年（公元1195年）所建，第四座为元至元五年（公元1268年）所建，第五座为元大德六年（公元1302年）所建，其余4座为清代所建。两座正方形的金代碑亭，斗栱豪放，布置疏朗，是孔庙现存最早的建筑。
各亭石碑多以似龟非龟的动物为趺，名曰赑屃（bi,xi)，据说是龙的儿子。传说龙生9子，各有所能，赑屃擅长负重，故用以驮碑。碑亭中最早的是两幢唐碑，一幢是立于唐高宗总章元年（668年）的“大　唐赠泰师鲁先圣孔宣尼碑”，一幢是立于唐玄宗开元七年（719年）的“鲁孔夫子庙碑”，皆位于南排开东起第六座金代碑亭中。最大的一幢石碑是清康熙二十五年（1686年）所立，位于北排东起第三座碑亭内。这块碑约重35吨，加上碑下的赑屃，水盘，约重65吨。这块石采自北京的西山，在当时的技术条件下，能将此碑安然运抵千里之外的曲阜，不能不使人惊叹。
此院的东南、西南部，各有一片丛林似的碑碣。北墙朱栏内还镶着大量刻石均为历代帝王大臣们修庙、谒庙、祭庙后所刻。如从书法艺术上来看，真草隶篆，各有千秋。另有几座石碑从侧面记载了元末红巾军、明代中期刘六、刘七、明末徐鸿儒等农民起义的情况，是研究农民革命历史难得的珍贵史料。
十三碑亭院两侧，东建毓粹门，西建观德门，供人出入，人们依照皇宫之名，称为东、西华门。这是孔庙的第三道偏门。 大成门
大成门
十三碑亭北，有五门并列居中的一座名大成门，是孔庙第七道大门。
“大成”，是孟子对孔子的评价。他说：“孔子之谓集大成”，赞颂孔子达到了集古圣先贤之大成的至高境界。此处，五门大开，将孔庙分作三路：东为承圣门，内奉祀孔子上五代祖先；西为启圣门，内奉祀孔子父母；中路大成门，主祭孔子夫妇，并以历代先贤先儒配享从祀。三门并立，左掖金声门，右掖玉振门。“金声”是击钟的声音，表示奏乐之始；“玉振”是击磬的声音，表示奏乐之终，用以象征孔子思想集古圣先贤之大成。
大成门南端的十三碑亭系金代以来逐代增建而成。能工巧匠们充分运用传统的勾心斗角的建筑手法，巧妙地解决了建筑结构空间的问题。
杏坛
杏坛
“杏坛”二字，这就是相传孔子讲学的地方。孔子杏坛设教记载最早见于《庄子·渔父篇》：“孔子游于缁帷之林，休坐乎杏坛之上。弟子读书，孔子弦歌鼓琴。”但是原址在哪里却无记载.宋天禧二年　（1018年），孔子四十五代孙孔道辅监修孔庙，将正殿后移扩建，以正殿旧址“除地为坛，环植以杏，名曰杏坛”，金代始于坛上建亭，由当时著名文人党怀英篆书“杏坛”二字。
杏坛十字结脊，四面悬山，黄瓦朱栏，雕梁画栋，彩绘精美华丽，坛前置有精雕石刻香炉，坛侧几株杏树，每当初春，红花摇拽。乾隆皇帝曾为之赋诗：“重来又值灿开时，几树东风簇绛枝，岂是人间凡卉比，文明终古共春熙。”
两庑
大成殿东西两侧的房子叫“两庑(wǔ)”，是后世供奉先贤先儒的地方这配享的贤儒大都是后世儒家学派中著名的人物，如董仲舒、韩愈、王阳明等。在唐朝仅有20余人，经过历代增添更换，到民国时，多达156人。这些配享的人原为画像，金代改为塑像，明成化年间一律改为写有名字的木制牌位，供奉在一座座的神龛中。现在两庑中陈列着历代石刻。
“老桧曾沾周雨露，断碑犹是汉文章”。东庑中保存着40余块汉、魏、隋、唐、宋、元时的碑刻，最为珍贵的是“汉魏北朝石刻”共22块。西汉石刻，首推“五凤”；东汉石刻，以“礼器”、“乙锳”、“孔　宙”、“史晨”碑为隶书珍品；北朝以“张猛龙”碑为魏体楷模。西庑内陈列的100多块“汉画像石刻”，也是久负盛名的艺术珍品。这些石刻，内容丰富，既有神话传说的青龙、白虎、朱雀、玄武，又有反映当时社会生活的捕捞、歌舞、杂技、行医、狩猎，是研究我国汉代社会生活的珍贵资料。石刻的技法，有的细致精巧，有的粗犷奔放，各具风格。两庑北部陈列的584块“玉虹楼石刻”，是清乾隆年间孔子后裔孔继涑收集　了历代著名书法家的手迹临摹精刻而成的。这些石刻原被弃置在曲阜“十二府”的玉虹楼下，1951年移入孔庙，1964年装镶展出，供书法爱好者欣赏。