现存草堂寺，是东晋十六国时期后秦国逍遥园内的一部分。
  后秦国王姚兴崇尚佛教，于弘始三年(401年)迎请龟兹高僧鸠摩罗什来长安，住逍遥园西明阁翻译佛典，后在园内建草堂寺，供罗什居住。由于鸠摩罗什译经场以草苫盖顶，故得名为“草堂寺”。鸠摩罗什既通梵语，又娴汉文，佛学造诣极深，翻译经律论传94部、425卷，是中国佛教史上四大译师之一。罗什首次将印度大乘佛教的般若类经典全部完整地译出，对后来的中国佛学发展起了重要的作用。隋唐高僧吉藏以鸠摩罗什译出的《中论》、《百论》、《十二门》三部论典为依据。创立了三论宗，尊鸠摩罗什为始祖。草堂寺作为鸠摩罗什的译经道场，因而成为三论宗祖庭。
唐代时，草堂寺曾改名为“西禅寺”，但旧名仍被沿用。元和年间，唐宪宗敕令重修草堂寺。宋朝初，政府对草堂寺进行大规模重修。清雍正十二年(1734)，又改名为“圣恩寺”。尽管如此，历代诗文、碑刻和百姓都称草堂寺。