元朝
蒙古人建立元朝，于至元十年(1273)在淮安设淮东安抚司，次年，改为淮安总管府，属河南江北等处行中书省，淮东道宣慰使司，江北淮东道肃政廉访司，下辖山阳、淮安、淮阴、新城、清河、桃园七县。淮东道肃政廉访司开始时设在淮安，至元二十九年后移治扬州。
至元十七年(1280)六月，将泗州划属淮安总管府。泗州辖有淮平县、虹、盱眙、天长、五河县5县。(泗州原领的县还有睢宁县、灵壁县，睢宁县十六年割属邳州，灵壁县十七年割灵壁入宿州。盱眙、天长、五河县是二十七年由临淮府来属。)
二十年(1283)，再升淮安总管府为淮安路，将原有的淮安、新城、淮阴三县并人山阳县，直辖县减为四个。增辖临淮府(领虹、五河、盱眙、天长)、海宁州(即海州，领朐山、沭阳、赣榆)、安东州(不领县)。这个范围为今天苏北一半和安徽一部分地方，是历史上淮安辖境最大的时代。
至元二十三年，于本路之白水塘、黄家疃等处立洪泽屯田万户村。这个地方大约就是今洪泽县地，洪家疃很可能就是黄家集。当时屯军多时达20000余人。
至元二十七年(1290)正月，革除淮安路下属的临淮府，将其所属的盱眙、天长二县改隶泗州。
据《元史》记载，元代淮安共有91002户，547377人。以前的国都都设在陕西或河南，所以漕运都是由南方先到淮安，再由淮河向西北而去到达京城。元代都城在北方，如果漕运再循故道，复由河南再向北京运去，实在是绕了一个很大的弯子，费时费力。其实元初确实就是这样的。而且还开辟了广济渠，修复金代的中都汩漕河，以保证这条路线的畅通。当时的漕运路线是这样的：从杭州开始到镇江，过长江经扬州到淮安，北入黄河(即淮河)，逆流北上，到达中泺，改用陆运，180里后到河南新乡，再入御河，复用水运达北京。统一全国以后，为了取直，分段来开通或疏凿由北京直接向南的通惠河(北京到通州)、通州运粮河(由通州达御河)、御河(即卫河，南接会通河)、会通河(南接济州河)、济州河(南接泗水，入黄河到 淮安)，然后与南方运河相连。这一工程从至元二十六年(1289)开始，到至元三十年(1293)结束，全长3000多里，奠定了京杭大运河的基础。从古到今，不管运河如何修浚或改变走向， 淮安一直雄距于大运河的中心点上，始终是大运河的重要枢纽。
至正十二年(1352)闰三月，立淮南江北等处行中书省，治扬州，辖扬州等十个路府，淮安也在其中。
至正十三年(1353)，张士诚据高邮，自称诚王。国号大周，建元天佑。元政府镇压，一时不能下。十四年九月，由元朝太师、中书右丞相脱脱督军出征。十二月，以脱脱“老师费财，已逾三月，坐视寇盗，恬不为意”，削其官爵，安置于淮安路。
至元十六年(1356)十月，元镇南王退驻淮安，赵君用自泗州来进攻淮安城；乙丑，城陷，淮东廉访使褚布哈(褚不华)死之，镇南王被执，逾月不屈，与其妻皆赴水死。初，褚布哈为副使，与判官刘甲捍御淮安，刘甲守韩信城，势相犄角。褚布哈寻上章劾总兵者逗挠之罪，朝廷录其功，升廉访使。刘甲有智勇，号曰刘铁头，与贼战辄胜，褚布哈颇赖之。总兵者怒其劾己，乃将刘甲调走，以别将击贼，欲以困褚布哈，刘甲去，韩信城陷。贼因掘堑围淮安，刍饷路绝，元帅吴德诱运米万斛入河，为贼所掠。攻围日急，总兵者屯下邳，按兵不出，遣使十九辈告急，皆不应，城中饿死者仆道上，即取啖之，草木、鱼鸟、靴皮、弓筋皆尽，撤屋为薪，人多露处，坊陌生荆棘。力既尽，城陷，褚布哈犹据西门力斗，中伤见执，为贼所脔，次子伴格冒刃护之，亦见杀。褚布哈，隰州石楼人，守淮安五年，殆数十百战，精忠大节，人比之张巡。赠翰林学士承旨，追封卫国公，谥忠肃。
先是同佥淮南行枢密院事董抟霄建议于朝曰：“淮安为南北襟喉，江、淮要冲，其地一失，两淮皆未易保，援救淮安，诚为急务。今日之计，莫若于黄河上下濒淮海之地，及南自沭阳，北抵沂、莒、赣榆诸州县，布连珠营，每三十里设一总寨，就二十里中又设一小寨，使烽堠相望而巡逻往来，遇贼则并力野战，无事则屯种而食，然后进有援，退有守，此善战者所以常为不可胜以待敌之可胜也。”又言：“海宁一境，不通舟楫，军粮惟可陆运；而凡濒淮海之地，人民屡经盗贼，宜加存抚，权令军人搬运。”又言：“江、淮多流移之人，并安东、海宁、沭阳、赣榆等州县俱废，其壮者已尽为兵，老幼无所依归者，宜置军民防御司，择军官才堪牧守者，使居其职，而籍其民以屯故地，练兵积谷，且耕且战，内全山东完固之邦，外捍淮海出没之寇，而后恢复可图也。”建议很好，但未被采纳，淮安终于被赵君用等攻下。
元至正十七年(1357)十二月，赵君用称永义王、彭早住称鲁淮王。未几，淮安复为元军夺回，他们便北去山东。十九年七月，赵君用在益都被刘福通部将毛贵杀死，彭早住不知所终。
至正二十二年(1362)八月，张士诚杀元淮南行省左丞汪同。遂发兵攻淮安，旋即占据淮安。这期间，其守将史文炳在淮安修筑了新城。
至正二十六年(1366)夏四月，朱元璋的大将徐达率兵攻至淮安。闻张士诚将徐义兵在马骡港，夜，率兵在袭之，破其水寨，徐义泛海遁去。舟师进薄淮安城下，张士诚的中书右丞梅思祖等将淮安的军马府库簿籍献出出降。徐达宿兵城上，民皆安堵。后即命指挥蔡先、华云龙守其城。华后封淮安侯，为淮安卫指挥使，长期驻守淮安。这一次战争虽是改朝换代的战争，但却是和平解决的。梅思祖的侄儿梅殷，后来成为朱元璋的驸马。朱元璋预知其四子朱棣凶狠，临终遗命梅殷要确保其孙朱允汶为帝。所以后来在“靖难”中，和平解决的。梅思祖的侄儿梅殷以总兵驻守淮安，对抗永乐皇帝兵马南下。
元代修通了大运河的北段，水路可由 淮安经山东直达大都北京。文人学士多会于此，留下了许多珍贵的文学作品。戏剧家关汉卿过淮，采集了山阳窦娥的故事，创作了名剧《窦娥冤》。剧中所设场景， 淮安都有遗迹可寻。这里确有一个张庄，在城南门外，是剧中张驴儿家所在处；城内确有个窦娥巷，在北门内，是窦娥婆家住的地方。
大文学家施耐庵因元末兵乱迁居 淮安，住在都土地祠旁。他在淮安与其门人罗贯中等创作了《水浒传》、《三国演义》等名著。施耐庵就老死在淮安，葬在淮安。后来他的孙子将他的墓迁到兴化施家桥去，他的子孙就在那儿定居。施氏宗祠就在施家桥东面的白驹，白驹今属大丰县，所以大丰、兴化都争着说施耐庵是他们那里人。咸丰年间，施氏子孙修家谱，还曾到 淮安城内寻访施耐庵当年住的地方，就在西门内都土地神祠旁找到了。他们还将这次寻访经过写成一篇文章，写到一块木板上，称做木榜文”，悬在施氏宗祠内。现在白驹施氏宗祠仍有“木榜文”的复制件挂在那里。
在元末农民起义中，张士诚手下的将领占领淮安。不久，朱元璋又派大将徐达、常遇春打败了张士诚的部队，收复淮安，并派华云龙在这里镇守，封他为淮安侯。后人根据这段历史，编写了评话《大闹淮安府》，在淮安广为流传。