咸丰五年(1855)六月，黄河复决铜瓦厢，东注大清河入海。黄河自北宋时一决滑州，再决澶州，分趋东南，合泗入淮。盖淮河下游为黄河所夺者七百七十馀年，河病而淮亦病。现在黄河北迁，江南之患息。淮安士民请求恢复淮水故道者，岁有所闻(《清史稿》一二八)。由于黄河不再流人淮河，所以淮河故则以废黄河称之。
咸丰十年(1860)二月庚戌，捻匪陷桃源，上窜清江，庚长退守淮安(《清史稿》二○)。其时漕督联英、河督庚长，宴会于清江河署，终日优觞。羽檄纷驰，急于星火，从不省识，不发一兵，不出一令。迨大股至，焚掠暴烈，联英奔淮署，畏缩无策。意欲逃匿，托言出城巡阅，由西门转向南门。山阳知县顾思尧率邑人丁晏，暨两庠诸生，留联回署，发令调兵，严守郡城，战退贼锋，幸获安全。然河下西北乡一带，被贼蹂躏，已不堪问。
八月，淮安府衙大堂火灾烧毁，随即修复。河下盐商程巨函之懋敷堂被彻底拆毁，房料被移来修复府衙大堂。经这次修复以后，府衙大堂体量较原先旧制少狭。复建以后，较旧制少狭(《同治志》二)。
十一年，为防捻军骚扰，漕督王公檄筑城外长圩。檄前宿迁令胡群容本专任筑圩之役。西以运河为濠，就堤作圩，东南以涧河为濠，亦就地作圩，北就河下地基，环筑长圩高堤。建砖关三所，上筑炮台，下通圩门，设垛墙以备了望。又于四门城楼多积米谷，以裕民食(丁晏：《淮安府城署漕督大兴王公环筑外圩记》)。于是围砦之役兴焉。一筑于运河东堤，南起下一铺，北至北角楼，是为旧城西门外长围也；一起新城东北角，转属城东，下关围也；一起旧城南，环龙光阁，属之城东，南门围也。其附关厢而筑者，则有河下围、河北围。而制作修整，防守严密，则以河下围为最。又去城东十里余有石塘围，四十里余有车桥围；北二十里有丁家围，四十里有钦工围；城东北十余里有季家桥围。布置经营，逾年而后定(《同治志》二)。
六月，撤销南河总督以及淮扬、淮海、丰北、萧南、宿南、宿北、桃南、桃北各道厅，改置淮扬徐海兵备道，兼辖河务(《清史稿》一二六)。署空，后漕督吴棠移作漕署用，淮安原有漕署则渐废，光绪末改建为江北陆军学堂。
同治十一年(1872)，漕督文彬修理西城门楼，并以西城门楼为丰济仓分仓。经文彬奏准，丰济仓稻谷免纳牦税，并于郡分存，以备年，时管理丰济仓候补知县许佐廷，适奉檄修西城门楼。因请即楼为仓，移存稻二千石储之。嗣收稻拟第储入。又以淮地卑湿，易致朽蠹，乃筹为：大荒赈济，中荒平粜，丰年出陈易新，及盘晒、碾米、粜籴章程十四条(《同治志》二)。
光绪七年(1881)，署漕督谭钧培重修老城东、南、北三门(《续纂山阳县志》二)。

十七年(1891)，在四川夔州知府任解职的谈静山(谈荔孙祖父)，回淮安定居。谈无锡人，长期在淮安坐幕。有感于日本明治维新后国势蒸蒸日上，在城内捐资创设”谈氏东文学馆”。延聘日籍教员二人，开学习外语及新学的风气。学员除谈氏子弟外，兼收外姓青年，周作民、陈福颐、路孝忱、林有任等均在该馆学习过。谈氏故居在韩侯祠西侧。
周作民(1884—1955)金融家，山阳人。早年留学日本，1912年在南京财政部供职，后任金城银行总经理。1948年去香港，1951年6月被邀为全国政协委员。9月任北五行联合会董事长。当时淮安同时有三大银行家，另二人为谈荔孙(1880—1933)、朱邦献(1878—1932)。
光绪二十四年(1898)年3月5日，无产阶级革命家周周恩来同志出生于淮安内驸马巷，周恩来是我国、我党、我军的重要领导人。周恩来故居是全国重点文物保护单位。
三十年(1904)，五月乙巳，罢粤海、淮安关监督、江宁织造(《清史稿》二四)。经户部奏允，淮安关监督移交两江总督督理。
十二月丙寅，罢漕运总督，置江淮巡抚(《清史稿》二四)。以淮徐盗警，改置巡抚(《清史稿·职官》三)。次年二月庚寅，罢新置江淮巡抚，改淮扬总兵为江北提督(《清史稿》二四)。四月丙午，赏刘永庆侍郎衔，署江北提督，镇、道以下归节制(《清史稿》二四)。刘，河南人(《续纂志》五)。刘永庆奏请创办官立江北陆军学堂。学堂在淮安中长街漕督旧署，定额学生二百名，第一年授普通军事学，次年授专门，并实行野外操演、作战计划。三十三年毕业(《续纂志》七)。据《续纂志》卷八“选举”，该校有步兵科、马兵科、工兵科、辎重科等科。
明清时代是淮安繁华的鼎盛时期。主要原因有两条：一是漕运，二是盐业。从明代起，漕运日渐重要，东南每年四百万石粮食和其他物资靠它运往北京。漕运衙门设于淮安，“管领天下之转输，而东南土物之作贡者，楚蜀之木、滇之铜、豫章之窑、吴越之织贝、闽粤之橘柚，亦皆由此经行”，“山阳与天津南北两大镇屹然相对，五百年来莫之有改”。漕运的兴旺，促进了淮安与外地经济文化交流，促进了城市繁华。明代后期，西北盐商和徽州商人纷纷来淮，从事盐业。苏北沿海盐场所产盐产量和品位在全国都属上乘，管盐机构设在河下，所产盐均要运至河下批验，由盐商转销各地。河下以北的盐河是运盐孔道(即淮河故道)，两岸居民依靠搬运为活不下千余家。板闸之东，古称窑沟，盐河两岸秦楼楚馆十里相望，十分繁华。最繁华的地方是河下，盐商们在此建造园林别墅，一时“市宅竞雕画，被服穷纤绮，歌伶嬉优，靡宵沸旦”。当时，淮安与扬州、南京无异。咸丰五年(1855)，黄河在河南铜瓦厢决口，黄河北徙，山东境内大运河淤塞，漕运无法进行。于是海运兴起，后来又筑了津浦铁路，淮安无大运河之利了。后虽屡修，但终未解决问题，于是连漕运衙门后来也撤销了。道光中，纲盐改票，是盐业的重大改革，即盐不必再运淮安批验，即可直运各口岸销售，盐商纷纷撤走，士人外出谋生，加上太平军来淮战争一场，河下昔日繁华，尽化为乌有，淮安从此衰落下来了。