清朝
崇祯皇帝吊死北京后，农民起义军南下，漕抚路振飞与巡按御史王燮组织军民防守。淮城有七十二坊，各集义士若干。不上册，不督练，亦不给饷。每家出一人二人以四至五，从义而起，出于自愿。小帽、箭衣、快鞋、刀杖，俱自备。每坊举一生员为社长，一生员为社副，随便操演。茶点小费，各认输值。贵久持，戒作辍。总之小则为身命，大则为国家，日则团练，夜则鱼贯巡逻，以备非常。实际上就是民兵。
四月二十八日，淮安天妃宫火药局失火，声震五六十里，烟雾障天。火药民匠死者甚众，手足或飞至城外，亦有全身飞堕者。府尊同理刑亲来救火，谕救活一命，赏三金。三日后，砖瓦中犹累累见遗尸焉。
八月，刘泽清莅任，移居新城阎世选宅，而别治藩府，大兴工役，即大河卫故治而更创之。坏诸生祠及民舍以为用。大治宫室，穷极壮丽。造一水阁，费及千金。立榷关于小坝口收船税；立团牌，起柴抽，丈海荡，行小盐，罢引目，更张变置，渔利不已。住兵关厢，恣肆扰掠。幸淮扬道张文光潜为保护，士民稍稍依赖之。及腊而府第成，备极壮丽。费金钱钜万。后清兵攻淮，刘泽清从涧河入湖经庙湾躲到海里。不久投降清人，清人恶其反覆，腰斩于市。
由明入清，战争是免不了的。淮安虽也一日数惊，惶惶不可终日，但基本是和平解决的。顺治二年四月二十六日，清兵抵淮，漕河诸臣望风归附，刘泽清遁去，官民特牛酒迎三十里犒师，三城安堵如故。就这样完成了改朝换代的任务，战争创伤不大。
清初，转运漕粮官吏，参酌明制，总理漕事者为漕运总督，分辖则有粮储道。监兑押运则有同知、通判。趱运则有沿河镇道将领等官。漕运总督驻淮安(今楚州区)，掌佥选弁、修造漕船、派拨全单、况运开帮、过淮盘掣、催趱重运、查验回空、覆勘漂流、督催漕欠诸务，其直隶、山东、河南、江西、江南、浙江、湖广七省文武官吏经理漕务者皆属焉。粮道掌通省粮储，统辖有司军卫，遴委领运随帮各官，责令各府清军官会同运弁、佥选运军。兑竣，亲督到淮，不得委丞倅代押。如有军需紧要事件，须详明督抚、漕臣，方许委员代行其职务。(《清史稿·食货三》)顺治四年，增设满洲侍郎一员，与总漕同驻山阳，名为总理，其理漕部堂，驻扎新城，胥吏横暴虐民。部堂初设，权势赫濯，远过漕抚。而胥吏之恶，如出一辙。部堂书吏则有曹聘宇、朱大受、卢质斯、周君调等，漕抚书吏则有项得甫、毛爱之、祝其苏等，皆凭藉威势，苞苴流行，至有杀人于途，官吏不敢究诘。顺治十年，吏部观政进士邑人张新标，上疏极言其害。会淮民朱自文亦上言漕抚书吏奸私状，均奉旨严勘。五毒备尝，得甫、爱之，服毒死狱中，其苏君调得减死论，聘宇、大受、质斯走死道路。余皆敛迹，邑人称快。不久即撤此衙门，漕事专归漕督。
明太常寺丞杨正经流亡淮安。杨(?—1659)字怀玉，四川酉阳宣慰司人，家世为将，初官总戎。然少有别解，通音律，崇祯时官太常寺丞，得赐汉唐琴各一。京城破，杨抱琴流亡江湖间。后来淮，主陈美典家。适李子燮为淮安推官，喜琴，杨僧服见之，引为上客。为买宅，又为其子娶妇，遂家焉。年七十余卒，葬城东黄土桥陈氏祖茔邻。杨在淮制琴曲二：日西方思，思君也；日风木思，思亲也。每对客挥弦凄然泪落，闻者悲之。
靳应升、阎修龄、张养重前朝诸生缔结民间文学团体望社，嵇宗孟、张新标、胡从中、卞为鲸、黄申、陈台孙、陆求可、丘象升、象随、马骏、丘眺等先后参加(《望社姓氏考》)。望社是淮安历史上最早的大型文学社团，最盛时仅山阳县就有三十多人，另有府属各县十余人，后来浙江亦有名士慕名参加。望社诗人作品集有《淮安诗城》、《同社唱和录》等。
顺治十六年(1659)，漕运总督原来例兼凤阳巡抚事，本年停止这一兼职(《清史稿·职官三》)。十八年(1661)单设江北巡抚，另外派人担任，而漕运总督专司漕务(《同治志》卷六)。
淮安城西原管家湖，一名西湖，有许多风景名胜，如招隐庵、招隐亭等。招隐亭在运河西岸，明隆庆间沔阳陈文烛为郡守，延焦山隐士郭次甫来淮，因筑此亭为觞咏之所。亭前烟波浩渺，杨柳芙蕖，为一时胜境。后渐倾圮。顺治初，邑人张新标复加葺治，与胡从中、程涞诸人赋诗纪胜。康熙十五年(1676)夏，黄河决烟墩口，淮安城西湖泊俱淤一丈八尺深，始为平陆。今青莲庵南净土寺北，即其遗址。
康熙二十三年(1684)十月，康熙皇帝第一次南巡，壬子(二十日)渡淮至淮安。至清口，以运口水紧，令添建石闸于清河运口(清史稿一二七)。十一月一日自江宁回，十日，临阅高家堰(《清史稿》七)。赐诗褒美(《清史稿·河渠》一)。赐诗《阅河工堤》云：“防河纡旰食，六御出深宫。缓辔求民隐，临流叹俗穷。何年乐稼穑，此日是疏通。已著勤劳意，安澜早成功。”(《水畅河清》)
康熙二十五年(1686)，僧照明修重河下到板闸之间的新路。杜琳《重筑新路碑记》：“板闸之有新路，由来旧矣。好事者谓，即古淮阴路，余未敢信。明万历年，榷使陈公讳梦琛者，实筑之，人即呼为陈新路，至今碑碣在焉。父老传，初筑时，南北建坊额二所：一曰‘柳阴官道’，一曰‘题名坦道’。其间则沿植桃柳，横以勺略。每至春深，花明柳翠，摇漾溪烟，议者囤以比武林之苏堤云。……适有僧人照明者，忽以募缘请，余不禁幸然色喜，捐资一百金，同鄂公捐资五十金，且书数语于首。一时淮之缙绅士贾，闻风乐助者，不下数人。于是，不避炎暑，广招工作，轰豗杂沓，不逾月而堤成。人之出是路者，莫不欢呼称道，啧啧不置。余以为沙平路直，虽未尝布植林木，如当年之佳胜，而坚凝文厚，颇堪经久。此照明之功，在所不没，而予实乐观成也。……”陈梦琛字瑞南，山东登州人。官生，万历间以户部员外郎任淮安关监督。时板闸新路被水冲坏，特捐赀修筑之。人即呼为陈公新路。康熙间碑碣犹存。见《淮安关志》卷五人物。
康熙二十八年(1689)二月，康熙第二次南巡，(壬辰)次清河。三月(甲戌)，阅高家堰，指授治河方略。(戊子)，诏靳辅治河劳绩昭然，可复原官(《清史稿》卷七)。康熙阅高家堰，谓诸臣日：”此堤颇坚固，然亦不可无减水坝以防水大冲决。但靳辅欲于旧堤外更筑重堤，实属无益。”并以辅于险工修挑水坝，令水势回缓，甚善(《清史稿》卷一二六)。按靳辅长期治河，又得陈潢之助，方略正确，但得到于成龙等人的排斥，致被削职，陈潢瘐死狱中。后来康熙逐渐认清是非，车驾还京，恢复靳辅的官职。
三十八年(1699)，康熙第三次南巡，正月(丙辰)，召见河道总督于成龙，问曰：“尔前言减水坝不宜开，靳辅糜费钱粮，今竟何如?”成龙曰：“臣前妄言。今所办皆照靳辅而行。”上曰：“然则尔所言之非，靳辅所行之是，何以不明白陈奏，尚留待排陷耶?”因谕大学士曰：“于成龙前奏靳辅未曾种柳河堤，朕南巡时，指河干之柳问之，无辞以对。又奏靳辅放水淹民田，朕复至其地观之，断不至淹害麦田。而王骘、董讷等亦附和于成龙言之。”下部议，将于成龙革职枷责。上曰：“伊经手之工未完，应革职留任。”王骘休致，董讷革职(《清史稿》卷七)。
三月十六日，康熙驾幸淮安府城，道经山阳县儒学棂星门。圣躬拱立，逮过乃坐，邱闻衣有诗纪之。
康熙四十二年(1703)二月，康熙第四次南巡。至淮安城西门，李铠随驾。上遣问此中有学问人乎?学士以阎若璩对，巡抚副都御史宋公在侧云，长于考据。随传旨召见。以御舟行速不果。其时皇四子知阎，则邀相见，见则语极欢(阎谱)。原任布政司参政刘歉吉于淮上迎銮，年八十一矣。上书“雪作须眉”四字赐之。歉吉摹勒于石，因自号“雪作老人”。后横额嵌东门小校场地藏庵屋壁(《续纂山阳县志·杂记》)，今存勺湖公园碑园内。

阎若璩(1636—1704)，字百诗，号潜丘，清代考据学家，一代朴学大师。本太原盐商之后，其先世明正德间以经营盐业侨寓于淮，至若璩已五代。幼多病，能基学，年15以商籍补山阳县学生员。研究经史，深有所得。海内名流过淮必主其家。年20，读《尚书》古文25篇，即疑为伪书，潜心研究30年，作《古文尚书疏证》8卷，引经据典，列128条，一一举出其作伪之据，使多少年来关于此书真伪的争论有了结论。康熙元年改归太原籍，补廪生。游京师，为顾炎武《日知录》、汪琬《五服考异》纠错若干条。尚书徐乾学叹服，聘其参与修《一统志》。阎于地理尤精审，山川形势，州郡沿革，了如指掌，撰《四书释地》5卷。又著《潜丘扎记》6卷、《毛朱诗说》1卷、《日知录补正》等书。清世宗在潜邸，闻其名，延入邸中。观其书，皆称善。阎卒，遗使经纪其丧。归葬淮安蛟龙沟，称“学山墩”(今施河乡境内)。他开创了清代考据学之先河，《四库全书》编者称他“考据之学，未之或先”，梁启超称他为“近三百年学术解放第一功臣”。
康熙四十四年(1705)三月，康熙第五次南巡，赐绍隆寺额曰“湛真寺”，赐大悲寺额曰“闻思寺”并亲书予之。同时赐湖心寺额曰“佑济寺”。另赐山阳县知县武柱国扇诗。诗刻碑，碑在三台阁壁间，(今不存)。次年又南巡，五月，次山阳。