商南县作为县名，始于明成化十三年（1477），因位
商南全貌
商南全貌
于商山之南而得名。
夏（约公元前21～前16世纪），属梁州地域。商（约公元前16～前11世纪），属商邑，是契的封地。周（公元前11世纪～前256），属上洛地。战国初期属楚治，
张仪使楚后归属秦国。
秦统一中国后，商南县属内史郡之商县。
西汉，属弘农郡之商县。
东汉，属京兆尹之商县。
三国，属曹魏之京兆尹之商县。
北魏初期属苌和郡管辖，景明元年（500）始设县，因位置在商县东南定名南商县。治所设层峰驿，即县城西5公里处的皂角铺，古称层峰驿。
西魏，属苌和郡。
隋，撤南商县，归上洛县。
唐、宋两代，属山南东道（治所设今湖北襄樊市）商州管辖。
元，开省制，属陕西行中书省，奉元路商州管辖。
明洪武初年（1368）降商州为县，属商县辖。明成化十三年（1477）复升商县为州，设商南县，隶属西安府。清雍正三年（1725）升商州为直隶州。商南县属商州管辖。
民国二年（1913）废州府，存县道，商南隶属汉中道。民国二十四年（1935）于商县设第四专员公署督察区（系十九绥靖区），商南县为直辖六县之一。
解放战争时期，商南县曾是豫鄂陕革命根据地的一部分。民国三十五年（1946）8月中旬在太子坪成立商山县民主政府，隶属中共豫鄂陕边区第三地委，第三军分区管辖。8月底，郧商县人民民主政府在赵川马家坪成立。隶属第三分区管辖。1948年5月，商南县人民民主政府在今河南省西峡县丁河镇成立，隶属中共豫陕鄂边区第二地委、第二军分区管辖，西峡县西坪镇划归商南。1949年8月，机关迁驻赵川店坊河，建立巩固的革命政权。
1949年，国民党
商南县夜景
商南县夜景
政权被彻底摧毁，县人民民主政府由赵川迁驻县城，属陕南行政公署第二分区辖。
1950年5月，属商洛地区专员公署辖。
1969年，属商洛地区行政公署管辖。