晋太康三年（282）置同安县，属南安郡，后并入南安县。唐贞元十九年（803）析南安县西南4乡置大同场，五代后唐长兴四年（933年）升为同安县。历属泉州、清源郡、清源军、平海军、泉州路、泉州府、兴泉永道、南路道、厦门道，第五、第四行政督察区。清乾隆四十年（1775）析置马巷厅（1912年废）。1912年析置思明县，1914年析置金门县。古城因形似银锭而得名“银城”。 1949年9月19日解放，历属第五专区、晋江专区、厦门市、晋江地区、厦门市。1996年11月20日，经国务院批准，同安撤县设区，并于次年5月1日正式挂牌。
2000年，根据第五次人口普查数据：同安区总人口580813人，其中各乡镇人口（人）：大同镇80457莲花镇32869汀溪镇17740新民镇52516西柯镇60241五显镇37060洪塘镇38750新圩镇38121内厝镇35175马巷镇81882新店镇76272大嶝镇18795凤南农场虚拟镇7563大帽山农场虚拟镇3372

2000年，撤销大同镇，设立大同、祥平两个街道办事处；大同街道办事处辖城西、西安、双溪、南门、溪边、东溪、后炉、北镇、三秀、银华、凤山、北门、西池、新安、舒安15个居委会和田洋、东山、古庄、朝元、碧岳、顶溪头、下溪头、东宅、康浔9个村；祥平街道办事处辖陆丰、西溪、祥平3个居委会和过溪、溪声、凤岗、祥桥、杜桥、西洪塘、西湖、阳翟、卿朴、瑶头10个村。调整后，同安区辖2个街道、11镇：大同街道、祥平街道、马巷镇、新圩镇、新店镇、莲花镇、新民镇、洪塘镇、西柯镇、汀溪镇、五显镇、内厝镇、大嶝镇。

2002年，大嶝镇政府驻地迁移：大嶝镇人民政府驻地从田乾村迁移到西田（福建省人民政府2002年10月批复闽政文[2002]277号）。 2003年4月26日，国务院批准：设立厦门市翔安区，将厦门市同安区所辖新店、新圩、马巷、内厝、大嶝5个镇划归翔安区管辖。行政区划调整前：同安区面积1048平方千米，人口55万。行政区划调整后，同安区辖大同街道、祥平街道、莲花镇、新民镇、洪塘镇、西柯镇、汀溪镇、五显镇。区人民政府驻大同镇。
2004年，同安区辖大同、祥平2个街道办事处，洪塘、五显、西柯、新民、莲花、汀溪6个镇，竹坝、凤南、白沙仑、祥溪、汀溪5个农林场，下辖110个村委会，13个社区。总人口29.63万