数百年来，关于明朝建文帝的下落问题，一直是我国历史上一大疑案。建文帝朱允炆是明朝第二代皇帝，其父朱标是明太祖朱元璋的长子，早年立为太子，不幸中年早逝，朱元璋遂立朱允炆为皇太孙。朱元璋死时，他刚刚21岁，继位后改“洪武”为“建文”，史称“建文帝”。但他在位仅仅4年，就被他的四叔燕王朱棣用武力推翻，朱允炆生死不明，史学界众说纷纭。
一是投火自焚之说。据永乐年间《实录》和《明史稿》记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和太常卿黄子澄谋，定革削藩。此时，领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗帜，起兵南下，发起了“靖难之役”。不到4年燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，建文帝求和不允，只好死守，但是他的统帅李景隆和谷王朱穗等却打开金川门（南京城的北面两门）迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。建文帝眼见大势已去，不得已下令焚宫，顿时大火熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等亦大都随其蹈火而死。燕王入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落，宫内自下而上的侍从都说建文帝已自焚，并从火堆中扒出一具烧焦了的尸体证明。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹。其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文帝”。
二是削发为僧之说。清代名人吕安世和近代蔡东藩等则认为燕军破城后，建文帝无可奈何想一死了之。此时少监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你。我一直把它秘密收藏在奉先殿内。群臣把箱子抬来，打开一看，里面有三张度牒，就是做僧人身份证，上面写好了朱允炆等3人的名字。还放着三件僧衣、一把剃头刀、十锭白金和一封遗书。遗书中写道：“建文帝从鬼门出，其他人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”于是建文帝等3人剃了头，换上僧衣，只带几个人来到鬼门。建文帝等弯着腰出了鬼门后，就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向建文帝叩头称万岁，建文帝问僧人你怎知我有难？僧人答道：“我叫王升，是神乐观主持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。”至此，建文帝削发为僧。
三是江苏吴县说。《明史姚广孝传》和《胡荧传》记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝自焚而死，产生了怀疑，曾有人告诉他那具烧焦了的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。于是，他把建文帝的主录僧傅洽抓了起来，并关进监狱长达10余年，逼他供出建文帝的下落，并派郑和下西洋“欲寻踪迹”，同时派户部胡荧遍行郡、乡、邑，长达16年搜寻建文帝。一直到朱棣死前的一个晚上，他已睡下了，但听说胡荧回来了，便急忙穿上衣服在卧室单独会见。胡荧访得建文帝离开紫禁宫后，被僧人傅洽所救，一直藏在江苏吴县普济寺内。建文帝一心为僧，无复国之意，朱棣这才放了心。近年，一些史学者在江苏吴县表示，发现了建文帝的遗迹、遗物，称建文帝出宫后便藏于吴县普济寺内，直到1423年病逝。
四是北京西山之说。据称，建文帝从鬼门逃出后，在神乐观会集了吴王府教授杨应能、监察御史叶希贤和翰林院编修程济，君臣一行从此走上了流亡生涯。他们先后到湖北、云南、四川、广东、广西、贵州、浙江等地，隐迹遁行，建庵而居，募粮而食。杨应能、叶希贤死后，建文帝又收了一名弟子叫应惠。1424年，朱棣死去，第二年他的儿子仁宗也死了，建文帝说：“今后我们往来可以稍稍如意了。”建文帝在贵州时曾写过一些诸如“百官此日知何处，唯有群鸟早晚朝”的诗句，这些诗被同室僧人窃走。就是这个僧人跑到思恩府的大堂对知府芩瑛说：“我是建文皇帝。”朝廷闻报，下诏将众僧一并押解进北京，当时建文帝等人当然也在内。1440年9月，朝廷派御史进行审问，那僧人说：“我已经90多岁了，就要死了，我不过是想要葬在祖父陵墓旁罢了。”据推算，建文帝生于洪武10年（1377年），至今才64岁，哪来的90多岁？那僧人词穷，便说出实话。原来此人叫杨应禅，河南钧州白沙里人。朝廷将这僧人判处死刑，随从12人都判处戍边。这时，建文帝很想回南方去，便对御史透露了实情。御史将这一情况密报了皇帝，把建文帝迎入了西宫，入宫后人都称他为“老佛”。后来，他在宫中尽其天年，被葬在北京西山（颐和园后红山一带）。在他的墓地，既不封土，又不植树，意为“不封不树”是古代对庶人的葬礼。
五是郸城仵姓之说。近年《郸城文史资料》《中州今古》《中州统战》《中原侨声》等刊物发表有关建文帝下落的文章，说：“建文帝群臣离开健康城，经蚌埠，过徐州最后到老家凤阳城。凤阳城里处处贴满了捕拿朱允炆的告示，一行人不敢久留，就继续向西北方向走去。永乐二年（1404年）6月，他们落脚在安徽省最西部、河南省最东部，即鹿邑县东南（今郸城县白马、南丰、汲水、张完等乡镇辖地）的一片荒无人烟的芦苇丛中，隐姓埋名，开荒务农，捕渔纺织。左右侍臣择其宫女婚配，生儿育女，生存下来，成了后来的大村庄杂姓营。当时13个患难的臣子与建文帝结为盟兄弟，组成一家（姓氏为王、仵、孟、肖、昌、庞、黄、穆、余、缮等），死后均葬入一大坟茔中，至今他们的子孙仍同扫一墓，同祭一祖。如今汲水、张完、南丰、白马四个乡镇辖区就有18个以仵姓命名的村庄，仅仵庄就有5个。这些村庄的村民绝大多数姓仵，均为建文帝的后裔。建文帝当时借用‘仵’字为姓，是将‘朱’字下部的‘人’移位于左边，‘朱’字不出头即‘午’。寓意：我朱允炆已下野，没有出头之日了。故有‘埋头朱’之说。即此‘仵’姓之源。”
然而，郸城仵姓到底是建文帝后裔，还是别有来头，尚待进一步考证。