港闸区的前身是原南通市郊区，1991年市区行政区划调整，将原南通县的陈桥乡、幸福乡和秦灶乡，原城区管辖的唐闸镇、天生港镇划郊区管理，将郊区所辖的任港乡、钟秀乡、八厂乡、狼 [1]

　山乡划归城区管辖，经国务院批准，将郊区更名为港闸区。1993年设立港闸经济开发区，1996年秦灶乡撤乡建镇，2001年芦泾乡并入闸西乡，港闸区辖四乡（幸福乡、陈桥乡、闸西乡、闸东乡）三镇（唐闸镇、天生港镇、秦灶镇）一个街道办事处（永兴街道办事处）和一个省级经济开发区（港闸经济开发区）。2005年和2009年港闸区再次进行行政区划调整，全区现辖一个省级经济开发区——港闸经济开发区（和永兴街道合署办公），五个街道（天生港镇街道、唐闸镇街道、秦灶街道、幸福街道、陈桥街道）。

1991年5月，经国务院批准，南通市郊区更名为港闸区。

2000年，港闸区辖3个镇、6个乡。　根据第五次人口普查数据：全区总人口224448人，其中： 秦灶镇 25513 唐闸镇 25759 天生港镇 7719 闸东乡 24233 永兴乡 28837 芦泾乡 27648 闸西乡 27665 陈桥乡 29454 幸福乡 27620

2003年行政区划一览：辖1个街道、3个镇、4个乡。（根据江苏省2003年底村及村以上代码整理）

唐闸镇 辖：社区居委会（大南、新工房、新华、西洋桥、闸北、疏航桥、公园、大桥、闸港桥）。

天生港镇 辖：社区居委会（三八、通燧、泽生、果园、江海）。

秦灶镇 辖：村委会（秦灶、桥北、桥东、八里庙、西安桥、袁桥、费桥、秦北）。

闸东乡 辖：村委会（闸东、横河、花墙、长岸、尖

南通市港闸区发展现状(16张)

沟头、高店、新园）。

永兴街道 辖：社区居委会（曙光）；村委会（永兴、节制闸、曙光、东港、芦泾港、窑墩坝）。

闸西乡 辖：村委会（五星、福利、国庆、八一、新闸、龙潭、爱国、白龙庙）。

陈桥乡 辖：村委会（陈桥、陈桥北、树北、育爱、集成、河口、五里树、长路、葆华）。

幸福乡 辖：村委会（幸福、管园、文俊、秦西、施店、祖望、花桥、转水、蒋坝）。

港闸开发区

2004年底行政区划一览：

秦灶镇　面积19.63平方千米，人口32122人。　闸东乡　面积14.89平方千米，人口19069人。

闸西乡　面积23.99平方千米，人口28060人。　陈桥乡　面积29.09平方千米，人口27851人。

幸福乡　面积20.48平方千米，人口23469人。

2005年8月，南通市政府《关于调整港闸区部分乡镇行政区划的通知》（通政发[2005]46号），根据省政府《关于调整南通市部分行政区划的批复》（苏政复[2005]54号）：一、同意撤销天生港镇和闸西乡，以原两乡镇所辖区域设立天生港镇街道办事处。办事处驻高墩圩桥西原闸西乡政府。办事处管理5个居民委员会和8个村民委员会。二、同意撤销唐闸镇和闸东乡，以原两乡镇所辖区域设立唐闸镇街道办事处。办事处驻唐闸镇。办事处管理9个居民委员会和7个村民委员会。三、同意撤销秦灶镇，以原辖区域设立秦灶街道办事处。办事处驻秦灶镇。办事处管理8个村民委员会。区划调整后，港闸区辖4个街道、2个乡。

2009年1月，南通市政府《关于调整港闸区部分行政区划的请示》（通政请〔2008〕99号），根据省政府《关于调整南通市部分行政区划的批复》（苏政复[2009]3号）：

一、同意撤销港闸区幸福乡，以其原辖区域设立幸福街道办事处。街道办事处驻幸福居委会，管理1个居委会，8个村委会。

二、同意撤销港闸区陈桥乡，以其原辖区域设立陈桥街道办事处。街道办事处驻河口自然集镇，管理1个居委会，9个村委会。