吴二年（1368年）正月，朱元璋建明，青阳县（仍治今蓉城镇）仍属江南行省（仍治应天府，今南京市）池州府（治贵池，今贵池市区）。洪武元年（1368年）八月，池州府直隶中书省。十三年正月，直隶六部。永乐元年（1403年），改属南京，后改称南直隶余仍之。

崇祯十七年三月十九日（1644年4月25日）明亡，为福王朱由崧控制区，仍之。五月，为南明朱由崧弘光政权控制区，青阳县仍属南直隶池州府。

顺治二年（1645年）五月十六日，清平江南，仍之。顺治二年闰六月乙巳（1645年8月19日），青阳县（仍治今蓉城镇）改属江南省（治江宁，今南京市）池太道（治芜湖今为市）池州府。十八年（1661年），池州府改属江南省左布政使司（均治江宁）池太道康熙元年十二月甲子（1663年2月2日），池州府改属安池太道（治贵池），余仍之。六年七月甲寅（1667年8月30日），池州府改属安徽省（治安庆府，今为市）安池太道（还治芜湖）。二十一年十月乙亥（1682年10月31日），池州府改属江安十府储粮道（专业道，治歙县，今徽城镇）。雍正十一年十二月癸亥（1734年1月20日），改属安徽宁池太广道（治安庆府）。十二年十月庚戌（1734年11月3日），道治迁芜湖。咸丰五年十月十三日（1855年11月2日）改安徽宁池太广道为徽宁太广道（迁治宣城，今宣州市区）改由浙江巡抚代管。十年，道治再迁祁门县（治今祁山镇）。同治三年（1864年7月1日），太平天国运动失败后，徽宁池太广道所属皖南府州县回属安徽省。四年六月甲午（1865年7月23日），徽宁池太广道改治芜湖。光绪三十四年五月甲午（1908年6月日），池州府改属皖南道（仍治芜湖）。清代，江南、安徽省先后属两江总督（常驻江宁初名江南江西河南总督、江南江西总督、江南总督。康熙二十一年即1682年，改名两江总督，后兼南洋通商大臣）。

太平军于咸丰三年九月十六日占领青阳县，改青阳县为“菁阳县”（仍治今蓉城镇）属太平天国（都天京，今南京市）安徽省（治安庆郡，今为市）池州郡（治桂池，今贵池市区）。同治二年（1862年）八月二十七日夜，太平军最后撤出青阳县城。