春秋时期：设治苦，属陈国。
战国时期：置苦县，属颍川郡，后属砀郡。
秦朝时期：秦灭楚，置苦县
西汉时期：
高帝元年，苦县属汉淮阳郡。 十一年，苦县属兖州淮阳国，并于县西南置宁平县（今属郸城县）
文帝元年，改淮阳国为郡，四年复国，十一年又改为郡，其间苦县、宁平均隶之。
景帝二年，改淮阳郡为国，三年废淮阳国，苦县改属沛郡。
元康三年，淮阳复为国，苦县属之。
新莽时期，改苦县为赖陵，属淮阳国。
东汉时期：赖陵复名为苦县，西部置武平县，治设武平城，与宁平县同属豫州淮阳国。
三国时期：苦、武平、宁平属魏豫州陈郡（国），后属谯郡。
西晋时期：苦、武平先属豫州陈郡，后并入梁国。撤消宁平、分属苦、武平。
东晋时期：改苦县为父阳，属豫州。
南北朝时期：父阳、武平属宋豫州陈郡。后改父阳为谷阳县，属兖州陈留郡。
隋朝时期：开皇三年，武平属豫州谯郡；开皇六年，复置谷阳县，建置在今太清宫集，属谯郡；开皇十八年，撤销武平县改县名为鹿邑。
大业十三年（617年），农民起义首领田黑社占据鹿邑，改县名为涡州。
唐朝时期：涡州复名为鹿邑，属河南道亳州。
五代时期：源、鹿邑曾先后属后梁、后唐、后晋、后汉和后周
北宋时期：真源、鹿邑均属淮南东路亳州。
南宋时期：鹿邑、卫真属南京路亳州。
金朝时期：金明昌二年，重建洞霄宫和太清宫。.
元朝时期：鹿邑、卫真两县合并为鹿邑，治所迁卫真县境（今县城）。录属归德府（今商丘）。
明朝时期：鹿邑属河南承宣布政司归德府。
清朝时期：鹿邑，清初沿袭明制，归属河南省归德府。
中华民国：民国元年2月，县设公署，改知县为县知事。
1949年：属淮阳专区。
1953年：撤销淮阳专区划归商丘专区。
1958~2000年：随商丘专区并入开封专区；1965年划归新设立的周口专区；1969年改为周口地区。
2000年：2000年6月8日撤销周口地区和县级周口市，设立地级周口市。隶属于周口市。
2011年：根据河南省委印发了豫发2011【7】号文件，经中央编委批准为省直管县体制改革试点县。
2014年：鹿邑县正式施行省全面直管体制。