清城区前身是清远县，建于秦朝（前221）。

1988年1月7日，国务院批准撤销清远县，设立清远市（地级），北江河岸景色

原清远县分为清城、清郊两个市辖区（1992年清郊区改为清新县）。

2000年，清城区管辖5街7镇。据第五次全国人口普查数据，全区总人口506680人，其中：南门街道19096人、上廓街道24663人、下廓街道28756人、松岗街道56338人、小市街道47232人、附城镇40275人、洲心镇36705人、横荷镇48307人、源潭镇62953人、高桥镇14942人、龙塘镇51577人、石角镇61425人、扶贫经济开发区虚拟街道3575人、银盏林场虚拟镇2675人、畜牧水产示范场虚拟镇8161人。

2002年，清城区管辖8街（上廓、下廓、南门、松岗、城北、小市、连江）7镇（附城、洲心、横荷、石角、龙塘、源潭、高桥），原出处表明8个街道，但只给出7个街道名录。

2003年6月28日，撤销上廓街、下廓街、南门街、松岗街，设立凤城街；撤销附城镇，设立东城街；撤销小市街、洲心镇，设立洲心街；撤销横荷镇，设立横荷街；撤销高桥镇，并入源潭镇。调整后，清城区管辖4街（凤城、东城、洲心、横荷）3镇（石角、龙塘、源潭）。

2009年3月19日，原清新县飞来峡镇划归清城区管辖，原清城区龙塘镇划归高新区管辖。调整后，清城区管辖4街（凤城、东城、洲心、横荷）3镇（石角、源潭、飞来峡）。

2012年4月，清远市政府对区划进行调整，龙塘镇正式划归清城区管辖。区划调整后，清城区辖4个街道、4个镇，有77个居委会，71个村委会。