2800多年前，这里就有人类生息繁衍，创造了“沙井文化”。西汉武帝时，在县境置武威县、宣威县，后又置武威郡。

前凉除置宣威县外，收祖厉流民在汉武威县附近置祖厉县。

北魏置襄武县及武安郡。唐初置明威府、明威戍。

唐大足元年（701），于县东北置白亭军，后降为白亭守捉。

明洪武中，置临河卫。洪武二十九年（1396），置镇番卫。

清雍正二年（1724）改为镇番县。

中华民国17年（1928），以“俗朴风醇，人民勤劳”易名民勤。

2000年，民勤县辖5个镇、18个乡：城关镇、东坝镇、泉山镇、西渠镇、东湖镇、薛百乡、大坝乡、三雷乡、昌盛乡、昌宁乡、蔡旗乡、重兴乡、收成乡、夹河乡、双茨科乡、大滩乡、红沙梁乡、中渠乡、新河乡、羊路乡、花儿园乡、北山乡、南湖乡。

2004年，将由原来的23个乡镇调整为5镇、13乡：撤销三雷乡，合并于城关镇，合并后更名为三雷镇，下辖7个社区居委会、15个村、90个组、1个街道办事处、15237户、51285人。撤销昌盛乡，并入昌宁乡，辖11个村、94个组、1个社区居委会、2213户、11620人。撤销羊路乡，合并于新河乡，合并后更名为苏武乡，辖26个村、182个组、7700户、34129人。撤销北山乡，并入东湖镇，辖5个村、164个组、1个社区居委会、4064户、18662人。撤销中渠乡，并入西渠镇，辖36个村、247个组、1个社区居委会、6833户、30375人。