公元前，长江大量泥沙沉积于长江口，形成大小不等的沙洲，大约经过800多个春秋，至唐末，出现东洲和布洲两大沙洲及成群小沙洲，沙洲渐次连片，至五代后周显德五年（958年）建县，县治设于东洲镇，名海门县。由于长江主泓道北移，至明朝中，境内大片土地坍没，坍至吕四、余东、四甲一线，县治迁于徐涧（今南通县兴仁镇）。并废县归并通州建静海乡。清初，江流主泓南倾，长江北岸开始涨积，涨出40多个新沙，绵亘百余里。乾隆三十三年（1768年），建江苏省海门直隶厅，设治于茅家镇，民国元年（1912）复称海门县。

1949年，新中国成立后，海门人民护坡治坍，根除了坍害。海门县隶属苏南政区南通区（1953年为江苏省南通区，1955年4月改为江苏省南通专区，1971年4月，改为江苏省南通地区）。1983年实行市管县，南通地区撤销，海门县隶于江苏省南通市。 1994年6月撤县设市，成立海门市，属于南通市代管，市人民政府驻海门街道。[