武都历史悠久，白龙江、北峪河流域已有七千多年的人类活动史。周秦为白马氏羌地。秦置武都道，属陇西郡。汉武帝元鼎六年(前111年)置武都郡。“师古曰:以有天池大泽，故谓之都。”(((汉书·地理志·武都》)秦用武力拓疆，破白马氏至天池大泽，故称武都。故址在今西和县洛峪乡。东汉武都郡治移下辨(今成县西)。永嘉之乱后为杨氏所据。北魏太平真君七年(446年)置武都郡于石门县。石门以地有天然石门坎而名。同年又置武(阶)郡，郡治地以拾级而上得名。后魏置盘堤县.“以盘堤山得名”(((旧唐书·陇右道·武州》)。西魏大统元年(535年)置武州，因远离天池大泽省“都”。以扬武为州名。唐景福元年(892年)更武州曰阶州，治兰皋镇(在康县境)。阶州之名据乾隆((阶州志》云:“因旧城地处陡峻，由城门而上如升阶然。”金元仍之。明洪武四年(1371年)降州为县。洪武十年(1377年)复为州。 1913年改阶州为武都县。
1949年9月9日和平解放武都，1958年2月，武都县随武都专区并入天水专区，同年国务院批准，撤销康县，并入武都县。1961年11月，国务院批准恢复武都专区，武都城关镇为武都专区驻地。同年12月武都县内分出康县，1968年7月武都县革命委员会成立。1980年12月撤销武都县革命委员会.成立武都县人民政府。2004年6月撤销陇南地区建立陇南市，武都县改为武都区，为陇南市委、市政府所在地，是全市政治、经济、文化、交通的中心。