启东市滨江沿海，物源丰富，历史上曾有“粮棉故里，东疆乐土”之说，故谓“启吾东疆”而得名。

如今的南通是大约在南北朝时候形成的沙洲。根据宋代《太平寰宇记》记载，这块沙洲叫“湖逗洲”，后来“湖逗洲”和附近的南布洲等小沙洲连成一体。从海安青墩新石器遗址考古发现，沙地历史悠久。

启东是最年轻的沙地，是近200多年内由沙洲之间的泓道封淤而联并成陆的。启东这一带，古称“东胜瀛洲”。晋人王嘉《拾遗记》对启东一带洋面作了描述：“瀛洲，一名魂洲，亦曰环洲。东有渊洞，有鱼长千尺，色斑，鼻端有角，时鼓舞群戏。远视，水间有五彩云；近视，乃此鱼喷水为云，如庆云之丽，无以加也。”此文虽语出不经，但对启东成陆以前，沙屿不时出没于大海波涛之中，并有群鲸嬉戏，喷水若五彩云的景象，作了生动的描述，留给了我们弥足珍贵的历史记载。另外，名著《浮生六记》对启东作了珍贵的记载。

启东历史上曾分属三个县管辖。南部为新涨的沙地，只有的一百二十年历史，史称“外沙”，1928年设县分治前隶属上海市崇明县；中部地区为“下沙”，在1941年前隶属海门；北部吕四一带，成陆时间最长，有千余年历史，在宋、元、明、清时归属海门，1942年前由南通县管辖。马相伯的《启东设治汇牍》对启东设县过程有着详细的记载。

在启东，北部吕四一带称为“北沙”，南部和中部地区叫“南沙”。“南沙”“北沙”语言迥异，习欲有别。南沙人讲的是启海方言，与海门话完全一致，和崇明话相似，跟上海话相近，同属吴语，而“北沙”人说的则是“吕四话”。

1949年1月，启东全境解放，恢复启东县建制，考虑到原启东县地域过于狭小，且南通县、海门县地域东西向过于漫长，不易管理，将原海门东部海东、二效等区、南通县东部吕四区并入启东县。1954年9月，又将海门县王鲍区等地12个乡并入启东县。同年12月，海门县通兴农场也划归启东县。1989年11月13日，经国务院批准，撤销启东县，设启东市，市政府驻汇龙镇。