【建置前史】黔江早在60万年前“人猿揖别”后就有人类祖先活动的痕迹，其文明历史可以上溯到原始社会。在夏朝属梁州，商周(含春秋战国)为古濮国、巴国属地，秦属巴郡南部地区，首次实现境内各民族人民大融合。西汉沿袭，至武帝建元元年(前140年)，在梁州巴郡置涪陵县(治所今彭水自治县郁山镇，辖今酉秀黔彭诸县和贵州东北部)，这是黔江地域置县的开始。元封五年，改梁州为益州，属益州刺史部。

【东汉置县】东汉献帝建安六年(201)，涪陵县分为涪陵、永(万)宁、汉葭、丹兴(因为盛产硃砂、水银而命名)4县，属涪陵郡，迄今已有1812年的单独建置史。三国、两晋、南北朝时期沿用丹兴县名，县治一直在楠木坪(今城东街道南海城居委)。其间由于战乱，当地少数民族首领拥兵自保，中央政权失控200余年，致使郡县形同虚设。北周保定四年(565)，涪陵郡少数民族首领田思鹤以全郡之地归顺中央王朝，在彭水置奉州(北周建德三年改名黔州)、丹兴(今黔江)置庸州、恩施置亭州，庸州辖丹兴县，州、县治所均设在县坝老场，黔江历史上两级机构(州、县)首度并存。隋开皇五年(585)易丹兴县为石城县，仍属庸州，由于开皇末年在今酉阳、秀山区域设婺川县，使石城县地域相对狭窄，在隋大业三年(607)，废庸州，并省石城县入彭水县，隶黔州。

【唐初名黔】唐朝武德元年(618)，复置石城县，治所移至无慈城(今县坝老鹰关)，属黔州。不久改黔州为黔中郡，管辖彭水(今彭水汉葭镇)、洪杜(今酉阳龚滩镇)、洋水(今彭水龙洋)、永(万)宁(今武隆江口镇)和石城5县，唐贞观四年(630)，治所迁回楠木坪，唐天宝元年(742)，因石城县南部的万就(足)、鹿角等地连接黔江(今乌江)，所以更名黔江县。五代和宋朝前期属黔州，南宋绍定元年(1228)黔州升为绍庆府，黔江县隶属于绍庆府，到明清时期属重庆府。其间，明洪武五年(1372)被并入彭水县，十一年(1378)设立黔江守御千户所，十四年(1381)复置黔江县，再次出现两级机构(所、县)并存的情况。清雍正四年(1726)称黔江厅，十二年(1734)升为黔彭直隶厅，厅治设在黔江，辖黔江、彭水2县，后增辖酉阳县。清乾隆元年(1736)因“改土归流”而废厅复县，属于酉阳直隶州，此后一直沿用黔江县名。

中华民国成立后黔江属川东道，1927年起先后属于四川省省长公署和四川省政府，1935年后属四川省第八行政督察专员公署(酉阳专署)。1945年10月设立川黔湘鄂边区绥靖公署，绥署驻黔江。

1949年中华人民共和国诞生后，黔江县属四川省涪陵专(地)区(1950～1952年属酉阳专区)，1983年11月14日批准撤销黔江县，设立黔江土家族苗族自治县。1988年设立四川省黔江地区，1998年改置重庆市黔江开发区，黔江第三次出现两级机构(地、县)并存。2000年6月，撤销重庆市黔江开发区、黔江自治县，设立重庆市黔江区，行政正厅(局)级。