红旗区人民政府前身为新乡市第三区公所，此后先后更名为二区、和平区人民委员会、和平人民公社、红旗区革命委员会。

1949年4月成立于新乡县小冀镇，所在地原为新乡县古县城。

1949年5月5日新乡县城和平解放。

1953年1月区划调整时改称第二区，辖区扩大到卫河以北的市区。

1955年12月改名为和平区。

1959年2月更名为和平人民公社。

1960年4月河以南划归新华人民公社。区辖卫河以北的市区和郊区农村，改名为卫北人民公社。

1961年9月农村划出，恢复和平区原区划。

1966年10月改名为红旗区革命委员会。

1980年9月，恢复红旗区人民政府，撤销红旗区革命委员会。

2003年12月25日，国务院批准：将新乡县的关堤乡、洪门镇（不含王湾、李村、赵村、贾屯、梁任旺、定国、吕村、堡上、孙村、东聂庄、秦庄11个村）划归红旗区管辖；将原郊区平原乡的孟营一村、孟营二村、孟营三村、城关、东关、骆驼湾、马小营、张庄、段村、留庄营、饮马口、西马小营、臧营13个村划归红旗区管辖。将红旗区的东干道、北干道、荣校路、花园4个街道划归牧野区管辖。调整后，红旗区辖东街、西街、渠东、南干渠、向阳5个街道和关堤乡、洪门镇。区人民政府驻新生巷。

2004年1月，新乡市区划调整后，红旗区北部以卫河、兴隆街、东二环、平原路为界，和牧野区隔河相望，西部以胜利路—化工路—和平路为界，和卫滨区毗邻，东南和新乡县交界，辖关堤乡、洪门镇2个乡（镇），以及东街、西街、渠东、南干道、向阳5个街道办事处，共33个行政村，23个社区居委会，3个实业公司。总面积92平方公里，总人口226327人。 截至2005年12月31日，红旗区辖5个街道、1个镇、1个乡：渠东街道、南干道街道、东街街道、向阳小区街道、西街街道；洪门镇；关堤乡。

2006年7月26日，新乡市人民政府《关于调整市高新技术产业开发区和小店工业园区管理范围的通知》：将红旗区关堤乡整建制划归市高新技术产业开发区管理，将红旗区小店镇的邢庄、贾李庄、李胡寨、北张兴庄、张兴庄、夏庄、贾堤、冯堤、魏堤、第五疃、樊庄等11个建制村划归小店工业园区管理；红旗区的行政区划不变。

2006年8月13日，红旗区、延津县、新乡县、原阳县部分行政区划进行调整。其中：将延津县的小店镇整建制划归红旗区管辖；将新乡县朗公庙镇的油坊堤建制村和红旗区洪门镇的南马庄、东台头、西台头、东杨村、西杨村5建制村，共6建制村划归红旗区关堤乡管辖；将关堤乡的关堤、申店、东陈庄3建制村划归洪门镇管辖。调整后红旗区辖洪门镇、关堤乡、小店镇3个乡（镇），5个街道办事处；洪门镇辖原堤、张堤、保安堤、赵楼、洪门、乔谢、公村、留庄营、段村、张庄、骆驼湾、东关、孟营一村、孟营二村、孟营三村、马小营、城关、关堤、申店、东陈庄，共计20个建制村，镇政府驻地不变；关堤乡辖张八寨、庄岩、任庄、大介山、小介山、郭小庄、刘庄、司马、柿园、白马、塔小庄、刘堤、马堤、油坊堤、南马庄、东台头、西台头、东杨村、西杨村，共计19个建制村，乡政府驻地暂不变。红旗区与延津县、新乡县的边界线：红旗区北部边界以卫河、兴隆街、东二环、平原路、小店镇的北部边界为界，西部边界以胜利路、化工路、和平路为界，南部边界以关堤乡的南边界、小店镇的南边界为界，东部边界以小店镇的东边界为界；延津县西边界以调整后的红旗区东边界为界；新乡县北边界以市区的南边界为界